mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGGGAGATGGAGCTGAGGC CTCAAGCCCCACTCTCCTCCTTT CCACTACTGTTCCTCAAGCCCCACTCTCCTCCTTTGCTTTCACTTATTCTGCGTCAACCCATCCAGAGATCCCTCCCCTTCTCTCCCTGCCGGCCTAGTTATGGCAGAGAACGATGTGGACAATGAGCTCTTGGACTATGAAGATGATGAGGTGGAGACAGCAGCTGGGGGAGATGGAGCTGAGGCCCCTGCCAA GCACGAGCTTCTGTCATAGACTTGTGTGTTTCTTTTCCACTACTGTTCCTCAAGCCCCACTCTCCTCCTTTGCTTTCACTTATTCTGCGTCAACCCATCCAGAGATCCCTCCCCTTCTCTCCCTGCCGGCCTAGTTATGGCAGAGAACGATGTGGACAATGAGCTCTTGGACTATGAAGATGATGAGGTGGAGACAGCAGCTGGGGGAGATGGAGCTGAGGCCCCTGCCAAGAAGGATGTCAAGGGCTCCTATGTCTCCATCCACAGCTCTGGTTTTCGTGACTTCCTGCTCAAGCCAGAGTTGCTCCGGGCCATTGTTGACTGTGGCTTTGAGCATCCTTCAGAAGTCCAGCATGAGTGTATCCCTCAAGCCATTCTGGGAATGGATGTCCTATGCCAGGCCAAGTCAGGCATGGGAAAGACAGCAGTGTTTGTGCTGGCCACACTGCAACAGCTGGAACCAGTTACCGGGCAGGTGTCTGTGCTGGTGATGTGTCACACTCGGGAGTTGGCTTTTCAGATCAGCAA 3 2 3' arm Equus_caballus mirnest 100 100 -56.6 ...........(((((.((.(((.((((((((.(((((.((.((..(((..((((......(((((((.((..(((...((..((.((((((.........)))))).))..))...)))....)).))).)))).......))))..)))..)).)).)))))..))))))))))).))))))).......... (-56.6)