mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGGTATTTGACAAGCTGAGT TCAGTTTGTCAAATACCCCAA GCCTCCTGCAGTGCCACGCTCCGGGTATTTGACAAGCTGAGTTGGACACTCCATGTGGTAGAGTGTCAGTTTGTCAAATACCCCAAGTGCGGCACATGCCTAAC AAAAAGCCCAGCTCCCTCTGGCCTCTGCAGTTTGGCTCATCACCAGGGAACCCGTGCCTCCTCTGAGACCAAGGCATCACTCCAGTAACAGGGCCACATCTCCCAGGAAGATCTGGACTCTCCACTGAAGCCCCTGGCCCAGCCTCCTGCAGTGCCACGCTCCGGGTATTTGACAAGCTGAGTTGGACACTCCATGTGGTAGAGTGTCAGTTTGTCAAATACCCCAAGTGCGGCACATGCCTAACAGCTCCAGGCCAGGACAGTTGGGATACAACAGAGTGACTTGCAGCTAGATACAAGAACACCCGTTAAACACCAACTAAGCTCTCCCAAGTTATTTTGTGTGACTTTGAGCGAATTAAAGCACTATATGTGAAGGTGCCAGGGGAAAGTGAAGCAGCTCTGGGAGCTACAGCCCTGGGCTGTGTCTACACACATTGTGGGAACCCAAGTGGGGCACAATAGTCTTGAAAAGGTATACGGGGCTCAAGGATGGAAGTGTTCCTTGATTCGTTATTTTCTTCCTTCATGTTTCTTTCCCATACTTTCTGGCTCAGCCAAAGCCCAGTCCCTCCAGGGACTTTTGAAAGTCAATCTACACTCTTTCGTTCTTCATTCTCAAAGCACTCCTTGCTTTGGTTCTTGTATAGACCCCTTTATCTCCTATTGCCTGATGGCACCTCTTCAATTGTTAGTGAACTTTTCCAGGGGATATTTTTGGATTCACCACTAGATTGTGAGCTTCTAGAAGA 5 0 5' arm Equus_caballus mirnest mir-223 6e-43 eca-mir-223 5e-49 -44.1 .......((((((((.((((..((((((((((((((((......(((((((.((...)).)))))))))))))))))))))))..)))).))))).)))..... (-44.1)