mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACAAGTCAGGTTTTTGGGATT TCCTGTGAGCCGGGCGTGTTT TCCTGAAGACAGTCCTGTGAGCCGGGCGTGTTTGTGAAGCCTGCTCAGCCGGTCCCGTCTGATATTTCACAACAACGGCAGGTAGTCATGACGACACTGGAGTCATACAGCAGAGAGGGGCAAACATGCCCTGCTTCACCTTTTACAAGTCAGGTTTTTGGGATTAAATCGTAT GTGGATCCTTTTATTGCGTTTAACACCTGCTATGAGTTACAGCATGATTATGACCCATACAAAACAATCCAAATGTCTTAATGTGTTCATGTCTTCCGTACACTGTGAAGCAAAATAAGTTTCAATCTAGAGCCCCCCCAACAAAGCAGAAAGTCAAAGCAAGACCCTCTGGCGTCTCTGACATCTGAACAGTTGTGTCGACTAGTTGATTCTCCTCAGAGAAACAGGCCCTCACGTAGATCTTATCAGGGGCCCAGTGGGCGGAGTTTTGCATAACAGCAGCAATCCTAAAGTTCTAATGCTAGAGCTGCACTATGAAACATTCTGTCACGAGATGTTTGTCGTAAGTACATTCCCGTTTTAAATACACGTCGTCCAGTAATGGGTGTTCGCATAGATATGTCTATGGGTGTTCGTGTGATGAGGGGAGGTAAGAGTCTGACAGGAGAGCTCCTGAAGACAGTCCTGTGAGCCGGGCGTGTTTGTGAAGCCTGCTCAGCCGGTCCCGTCTGATATTTCACAACAACGGCAGGTAGTCATGACGACACTGGAGTCATACAGCAGAGAGGGGCAAACATGCCCTGCTTCACCTTTTACAAGTCAGGTTTTTGGGATTAAATCGTATTTACAAATCAGCAACACTTTACATTAAGGTCACATGAAGTACCTTGTAACTGCATTGTTATAGCATTTCCAATGCATCTAAAATATTAAGTCATTCAATGGTATTACGTGTTAGCGGTCAAGGTTAAGTGTAAGAGTGTATGGAGGAGGCGTAAGGGGTGAGTGGATGTTGGAAACTGGCAGTTGAATGTTGTTAC 3 0 3' arm Osmerus_mordax mirnest 100 100 -48.9 ..........(((((((.(((((.(((.(((..((((((((((((...(((((..((((((((...((............))..)))).))))..)))))........)))))...((((((....))))))))))))).....))).))).))))).)))))))......... (-48.9)