mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGAGAATTGATTAATCTTCT AGTTTGTTCTCCTTTTCTTGT GACCATTATGTTACATCTACAGTATGGTTAGAATTTGGTGACAATTACAAAAAAAAAAATAGAGAGAATTGATTAATCTTCTTTGATAAATCTGAATCAGGTGATGATTCTTTCTAGAGTTTGTTCTCCTTTTCTTGTTGTTTGTTTGTTTCCTGCTATTATTAAACCATTCTGTTGACATGTCAGGTTGAAAATG CGGCCGGGGAAACCAGCATTTATCACTACTATCAAAAACGCTGCACTCAATGTGACTTAGTGTCTCTGCTGAGGCAGTGTCTCTGCTGAGGCAGTTTTTTGGACATAAATGTTGCGTCTTTCTAAGGGTCTGACTTGTTAGTATTGTTTGATGGCCCTTGTGCAGGAGTCGCTGGCAGGGTCTAGTAAGAGACCTAAAGTAGTGTGGTGTAATCTTGTGAAACAATATGATGATACTGTATGTGATTGGAAGTATAAGGAAGGTATATTCAAGTTTAGTCACGTTAAAATAAAATTAGAATTGGGTCCAAATATGCCGGTGAAAAAGGCATCGTGAAGGGTCAATATAGATATTTTGCGATACTTAGAAATGACATACTGCCGTTTCCAAAGTGTTTGTGAAGGTTCTGTAATATGCTCCTTCACCAGAATTAACCACATTCTATTTTTTGTTTTTATCACTGAGACACACATTAGCAACTGAAAGGTCCCGTCTGTATATCTTGATTCATTACAGAAAAATGTTGGGTTTGGACAGTGTCCAATTCTTGATTTTAACTGTTTTAATCACTTTGGTTGAAAACTTGCATTTGTAACTTCTATTGATGATCATATTGTACACAATGCAATAAACAAATCCACAAATATACATTTTAATAAAGAACAGGATGCAGCTGGGACCATTATGTTACATCTACAGTATGGTTAGAATTTGGTGACAATTACAAAAAAAAAAATAGAGAGAATTGATTAATCTTCTTTGATAAATCTGAATCAGGTGATGATTCTTTCTAGAGTTTGTTCTCCTTTTCTTGTTGTTTGTTTGTTTCCTGCTATTATTAAACCATTCTGTTGACATGTCAGGTTGAAAATGTATATCTGGTGAACACTGACAGCTTTTACGTTAATGTACAAGCTTCAAGCTAGCGTT 4 2 5' arm Osmerus_mordax mirnest 100 100 -42.2 ((((..(((((((.....((((.((((((..(((.(((((......(((((.(((.((...(((((((..((.(((..((((..((.......((((((.....))))))..)).)))).))).))...))))))).)).))).)))))....)))))..))).)))))).)))))))))))...))))....... (-42.2)