mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTGCTGCTGCTGATGGTGGC CGCGTTCAGATTATTAATAT AAAGCCGCGTTCAGATTATTAATATCCACGTCGCAGTTGGAGGAGGCCGACTTGGTCACCCGGTTGGGTGGCTCCCCATAGCGAGAATCGCAGAGAGGCGAATCGGAAAATGTCACCCTCAACTCCTTGTTCTTCGCCGGTGGCGGAGGCGGTGGGGAAGGAGGGAGGTGGTGTTGCTGCTGCTGATGGTGGCTG TTTTTTTTTTTTTAAATCTTAAAGCGTCGAATTGTCCCGTTACATTATTGTACAGCATTTTTTTTTCTGTTTCTTCTTATCCTTAGGGCCGTCCTGCAATTCGCCAGTTTGTCCTCCCGTCGGGGGGCGCGTTGCTTGTTCGCCAGCCTTCTCCTCGTCGACCTTTCCATTCTCTTTCGGAACGTCTTTCCCGGTACCTTTCGTATCCGGAGACTTCCCTACGGCTTTTCCAGTCGGTCCGTCTGTTTTGTCCTGGGTTTGCGCCTGAGCCAACGCTTCATTCTCAATTTTTTGCTTCTCTTGTTCCTCAAGAATAAATTTGTCCCGCACGATTGTAGCCCTCTTCAAAATGTCTTCTGTGTCTATGGCGAGCTCTCCACCAGGAACAAAAGGATTATCCCGGCTTTCAAGACTTTGGGATCTTTTGATTGGTCTGCGAATGAAAGCCGCGTTCAGATTATTAATATCCACGTCGCAGTTGGAGGAGGCCGACTTGGTCACCCGGTTGGGTGGCTCCCCATAGCGAGAATCGCAGAGAGGCGAATCGGAAAATGTCACCCTCAACTCCTTGTTCTTCGCCGGTGGCGGAGGCGGTGGGGAAGGAGGGAGGTGGTGTTGCTGCTGCTGATGGTGGCTGTA 5 1 3' arm Euprymna_scolopes mirnest 100 100 -72.9 ..((((((..((((..((.(((((.((((.((((...(((.(((((((.....)))(((((....))))).)))))))..))))((.((((......)))).)).((.....)).(((((..((((.(((.(((((((...))))))))))..))))...)))))..))))))))).))...))))..)))))). (-72.9)