mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTGGTGCAAAAATAATGGCA AAATTTTTTTTGCGCCAACCT TTTATATATTAGTTGGTGCAAAAATAATGGCATTTTTGACGTTCAATTTCATGTCAAAAAAATTTTTTTTGCGCCAACCTAACGTTAA TTTTTTTTTTTTTTTTATAGGTGTTTAAAAATTGATACAACAAACTTCACAAGTTGTTTCAATCATTCCGTCCAACCCTGCGACAGGTATTGATTTTATATATTAGTTGGTGCAAAAATAATGGCATTTTTGACGTTCAATTTCATGTCAAAAAAATTTTTTTTGCGCCAACCTAACGTTAATACATGTTCCATTCAAACCAATTAAATTTCCATTTGTTTTTACATTATTTTCCCAACCACTGTCTCAACACACTGAACCAGTTTCCGGATTTCTAATTCATTAAGCTATAGACACAAGAGGTCTTCGAGTTTTTGCGATTGTCTTTTCTTTGCTATATTATTCATGCACATTCATGTACGGCATAATCACGTTTACACACTGGTTCCCGCTGGATCATCAACGTTAAGTAACGTTGAACGTGGTCAATACTAAATGGGTGACCATTTAGAACTTCCAGGTGCTGCATGTGCTCTCCGCCCATCTAGGCATCGCTTCCAGTCGTCTTGGGCTTCTACTTTCCACTGGACTCAGTACCGTTTCAGGAAAGGTTTGGTTGGGGATTGCACAACCCTTGCCTCACAACTACATGTGCAGCTGCCCTTACAGGGGGTATCCTTTGTCTTCCGAGACTGAACGGAGGCATCGATACACATTCGTCCATCGANATGACAAGGACCATGTGAACATGCTGTGAAGCCTGCATTGCACAATCTCCAACCACCTCTCTTCCANATTGGTACTGCTTGATTCCAGTGGTGANAGAAATCTACAACGACCGGAAACAATACAGAGACGAACAGAGAACGCATACATC 5 0 5' arm Euprymna_scolopes mirnest 100 100 -26.3 ...........(((((((((((((.(((....((((((((((........)))))))))).))).))))))))))))).......... (-26.3)