mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATTTGTTTGGGTTTGTTTTA ATCAGAAACGAACGAATTCT TTGAATAAAACTTACACCTTGAATCAGAAACGAACGAATTCTATAACACCCAACAGTTTCAATGTTTGATGTGATTTGTTTGGGTTTGTTTTACAAGGAAGGTTTTGAAATT TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATGAATGATAAAATGGATTTATTTCCATATTAAACGAGTATTACACAAAATAATATTCAAGTTTGGAATCGTTGAATGCGTATTTACAATTTATAATAATGAAAAGAAATGGAATTAAATGAATAAAAATTACAATAAATGGAATATATACAGGAATCATTTCTTTGGGATGATTATTTAATCCCATATTTTTTTTTTATAAAATTCTGTGAATTTATGTTTGATCTGAAATTGTTTTGAATAAAACTTACACCTTGAATCAGAAACGAACGAATTCTATAACACCCAACAGTTTCAATGTTTGATGTGATTTGTTTGGGTTTGTTTTACAAGGAAGGTTTTGAAATTGAACTTGTTGCAGTCTGTGTACTAGTAAGAAATTATGGTATTTGAGGTCCTGCTAGATAGAAGAGTTACACTCTGCACGCTCTTCTGCAGATGGTAAGGCACGATTCAGAGTAAAGTCAAATTGATTGAGAGTTTAAGGCGATAAAATAATGTTACGTGACAACTTTATCCTTCCAAGAGTGCCCCACAACTCGACCGAGAGAAAAGTACCCAGACTATATCACCCACCCTCGCCCCGAAAGGCTAACAAAATACACAACCCCGCCCTCATAAATGAGCTGTTTATTTCGTGAGAGAACTGAAGCACCAGTCTCGCACTGTATTCGGCAGAACATTAAAACATGGGCGCGCACACCTGATAGCCAGTACGGAACATAACGTATTTTGGGATGTTCACAATGTACCGCTTCGAACATAGTTTCCACGACTTCATCAATGTTCTCTCGGGCGCGTTTCATTTGTTTCCGGATCACCGTGACGAATTTGTCGTAGTAATCTTCGCCGTAGACATCTTTGATATCGACCGGTGTTTCTTCCCACGACTTCCGGTATTGCTTTA 4 1 3' arm Euprymna_scolopes mirnest 100 100 -23.4 .....((((((((...(((((((.((((..((((((((((.(((.......((((.......))))..))).))))))))))..))))..)).))))).))))))))..... (-23.4)