mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTTCTGCTGCTGATGCTGCT CAGCAGAGGCAGCAGAGGCAG TCGTGCAACAGGCAGCAGAGGCAGCAGAGGCAGCTGGCAGTCGAGCAGATTATATTGGAAAAAGTTAACTTATTGCATAATGCTGTAAAAGCTGCAAAACCGTCTGCCATTGGCATAATGAATGAGCAGCCACTCAGAACTTCCTGCTTGCTTCTGCTGCTGATGCTGCTTTGAGTCGC AGACCCGGCAGTGCCACTCGCCTGCAGTGGCCTTTAAAGGAGCCTGGNCTTGGAGCGGAATTTCTGGCAATCCTTTAAAGTTCAAGGCAAATGGACACAGAAACAGATGCAACAAATGAGAACAATTCTAATTAGTTTGGAGAGATGTGGCCCATCATGTGTGAAACTGTCTCTTCTGGGGAGTCCTTTCAAAAGGGGAATTTGCCACAAATAAATTGGCAATTTACAAAAACGGAGACGAGAAAGGAATGTTTTTTGGGGCAAAAGAATTTCCCGAAAATCGAGACCAAGCACAGGTGTTCACTGCACAGCAAAGGGGAGGGAGGGGGAGGGGGAACTGCGTAACAAATGTGCATTTAATGCAGTTTTCTCCATCTCCGTCTCCATCTCCATGGCAGAGTCGGTCCTCTGTGGCAGCAGCAACGACAAATTACACATACGCTGCCACGTTGCCGGCAATCATTTATGCAGTCAGCTTTGACTTTGGCCCAAAAACAAAAAGTACATGTGCCTGGCCAAAATAAATATATGCTGCAACATTTGATGCAGTCGTGCAACAGGCAGCAGAGGCAGCAGAGGCAGCTGGCAGTCGAGCAGATTATATTGGAAAAAGTTAACTTATTGCATAATGCTGTAAAAGCTGCAAAACCGTCTGCCATTGGCATAATGAATGAGCAGCCACTCAGAACTTCCTGCTTGCTTCTGCTGCTGATGCTGCTTTGAGTCGCTTATCCCCAGCCCTGGTCCCCCTTCGCCACCCCTATCCCCATCATTGATTCATGACTCGCATCCGCCTCATCCGGCGGGAGCCATTTGGCGCTCAAAAAACGTTTACGAATGCATCCCAGGGTGGCACCAAACGGCAAAACTGAATATGCAAAATATTTTTCCACTTGATATCACCGAATAACATAATTTTGTTTGCACATGAAAATTGAAGTGGCAGTGAAAAAAACACAAGGGAAAACTGCAAAAGGGTAAGGGGGGGGAAATGAAAGGCCCAACTAAGGGGAAGCCCCTGGTAAAAACCCGGGAAACTTTGGCAAAACCAAACCCCCAAGAAATCTCCCCGGGGGGAGGGGTAAAAAGGGGAAACCCCAAAGTTCCCATTA 2 0 3' arm Drosophila_pseudoobscura mirnest 100 100 -55.9 ....((.((((((((((..(((((((((((((..((((((.((.((((.(((..((.....))..))).((((.(((...))).))))...)))).....)).))))))..((((.......((((......))))........)))))))))))))))))..))))))))...)).)) (-55.9)