mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGCTGGGCTGGGCTGGGGCC CCCCATCTCCCTCCGGCCCAT TCCTGGGGTAGTTGAGTCTGTGGCTCTGGGGTGTCCTGGGCTCCCCATCTCCCTCCGGCCCATCTGCCTGCTGCCCTGAGCCCTGGTTCTGTCAGGGCCCCCGCTGGAAGACACCCAGGACTGGGGCTGGGCTGGGCTGGGGCCTGCTCCGCCGCTGCCTCTGGGTCACCGAAGCTGCCCCCG GCCTGGGGCGGCCTCGGGGGGCGAACGGCCCAACCTCAAGATCGACAGCACCCCTGTGAAGGCGCCTGGCGGTGGCTGTTGCTAGGAGGCACACGGGGTGGGACTGGAGGGGCACCTGCAGATGATGCCCCAGGGGGGCAGGAGGGGCCTCCCTCTCCTGGGGTAGTTGAGTCTGTGGCTCTGGGGTGTCCTGGGCTCCCCATCTCCCTCCGGCCCATCTGCCTGCTGCCCTGAGCCCTGGTTCTGTCAGGGCCCCCGCTGGAAGACACCCAGGACTGGGGCTGGGCTGGGCTGGGGCCTGCTCCGCCGCTGCCTCTGGGTCACCGAAGCTGCCCCCGCCCCTCCCCGTCTTTGGAACGAGGGCTCGTCTGTCCGCCCCACCCCTGTATGCTGCACTGGGTTCTCCCTCCCCGTCTGCCTTCCGTCCCCTCTTCCAGAGCCCAGGGCCTCCCTGGCCTCTGCTGCCCCAGACGCAGTCAGAGCCCGGGGGCAGGGAGTGTGGCCAGGGGATCCAGGCCCTGGGCCCTGGGCCGGACCGGACCTCAGGACAGGCATGAGGGCCCAGCAGCCCGCCCTCTGCACTCCCCCTGCCTCGCCACCCCTCCCACACTCACAGCTCCAGCCGTCCAGCTGCGGTGGGGTCTGCGCACATCCGGGGCAGGTGGGCGGGCGGCTGTGCCAGGCCTGTGTCTTGAGCTGCGAGGGAGCCTGCTCCTGCCGCCCCCTG 5 0 3' arm Oryctolagus_cuniculus mirnest 100 100 -75 ....(((((((((...((.(((((((.((((((...(((((.(((((.(((..((((((((.((((..((((.((.((.(((((((.....)))))))...))..)).)).))..))))....))))))))..))).)))))...)).)))....)))))).))))))).))))))))))).. (-75)