mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGTTTTGTTTTGTTTTTTTA AAGAAAAAAAAAAAAAACACCA ATCTAGAACTAGTGTTTTGTTTTGTTTTTTTAAAGAAAAGTTATTACGATGTATTTTGTGAGGCAGGTTTACAACACTACAAGTCTTGACTAAGAAGGAAAGAAAAAAAAAAAAAACACCAATACCCAG TCGCGATCTAGAACTAGTGTTTTGTTTTGTTTTTTTAAAGAAAAGTTATTACGATGTATTTTGTGAGGCAGGTTTACAACACTACAAGTCTTGACTAAGAAGGAAAGAAAAAAAAAAAAAACACCAATACCCAGATTTAAAAAAAAAAAAGATCATAGTCTTAGGAGTTCATTTAAACCATAGGAACTTTTCACTTATCTCATGTTAGCTGTACCAGTCAGTGATTAAGTAGAACTACAAGTTGTATAGGCTTTATTGTTTATTGCTGGTTTATGACCTTAATAAAGTGTAATTATGTATTACCAGCAGGGTGTTTTTAACTGTGACTATTGTATAAAAACAAATCTTGATATCCAGAAGCACATGAAGTTTGCAACTTTCCACCCTGCCCATTTTTGTAAAACTTAAGTCATCTTGGACCTTTTAAACACAAATTTTAAACTCAACAAAGCTGTGATAAGTGGAATGGTTACTGTTTATACTGTGGTATGTTTTTCATTACAGCAGGCAATGCTTTCTTTTCCAGTCGTCTTTGAGAATAAAGGAGAAAAAAAATCTTCAGATGCAATGGTTTTGTGTAGCATCTTGTCTATCATGTTTTGTAAATACTGGAGAAGCTTTGACCAATTTGACTTAGAGATGGAATGTAACTTTGCTTACAAAAATTGCTATTAAACTCCTGCTTAAGGTGTTCTAATTTTCTGTGAGCACACTAAAAGCGAAAAATAAATGTGAATAAAATGTACAAATTTGTTGTGTTTCTTTACGTTCTG 3 1 5' arm Oryctolagus_cuniculus mirnest 100 100 -21.8 ...........(((((((.((((.(((((((.......(((((..((..((((..(((((((.....)))))))...)))).))..))))).......)))))))..)))).))))))).......... (-21.8)