mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGTTGGTTTTTGTTTGT AAACAAAGATTTCTGGAAGT TTCAGGAGGGCAAGAGAATATCAAACAAAGATTTCTGGAAGTATTTTGCCAACCTTCTGGTTGAACTGCAAGAAAATATTTATGGTGAGAACTTTTCTGTTTCCCGTTATTGGGTTTTTGGTTGGTTTTTGTTTGTTTTTTACTCTGCTTTGGTC TGATTTTTTGTCTGTATATATTTGAAGGCCTTTTTTTAAAAAAAAGAAAAAGAAAAGAAAAATATAATTGTTTGATTTTTGAGAATAAACAAACAAACAAACAAAAAGAGAGGCATTTTCAAAACTTCAGAACTTTCAGGAGGGCAAGAGAATATCAAACAAAGATTTCTGGAAGTATTTTGCCAACCTTCTGGTTGAACTGCAAGAAAATATTTATGGTGAGAACTTTTCTGTTTCCCGTTATTGGGTTTTTGGTTGGTTTTTGTTTGTTTTTTACTCTGCTTTGGTCTGTAAAAATATGCAACTGAACTACATTCAGAAGGAAATATTGTCTACATAGAATATTATATGAAGTTGGTACATAATTCTGATGAGGAAAAAAAATCTCTGCAATTCTTTAAGCCATATTGTTTTTCTGTGTTGTTTTCCCTGGATGAAAATATCAGTATTAAGTAGCCAGCATATTATTCAAGTGTTTAGGCTTATTAATATGTTCTCGTCCTGTATTTATACATATGTGTATTTTGAAAAGTATTGCCTTTTTTAAGGGAAGCTATAATTTGATACACAGTGAAAAAGGGAATGGTGACCCCTTTGTGCCTCTTCCACTGAGGATACAAACAGCATTGTATCCATTCTCTGGCACTTCTTCTTCTTATC 2 1 3' arm Macaca_nemestrina mirnest 100 100 -33.6 ......((((((.(((((...((((((((((((.(((((((..(((((((((((....)))))....))))))(((((.....(((....)))....)))))(((......))))))))))..))))))))))))....)).))))))))).... (-33.6)