mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGCTGGAGGTGTGATGATCC GTCCTCTGCTGCCTCCTGCTGAC CCGCGCGGCTGGAGGTGTGATGATCCGAGCTTACGGGTGGGGGTGGAGGCGGCTCCTGCGGTCGAGATGGACTTGAGACTCGCCGGCCGCACGCCAGTGAGGGCCCGTGTGGGTGCTGGTCCTCTGCTGCCTCCTGCTGACCT CCGCGCGGCTGGAGGTGTGATGATCCGAGCTTACGGGTGGGGGTGGAGGCGGCTCCTGCGGTCGAGATGGACTTGAGACTCGCCGGCCGCACGCCAGTGAGGGCCCGTGTGGGTGCTGGTCCTCTGCTGCCTCCTGCTGACCTTCGGGGCTGTCAGATGTGACGACGAAGTTGATGTGGATGGTACAGTAGAAGAGGATCTGGGTAAAAGTAGAGAAGGCTCAAGGACGGATGATGAAGTAGTACAGAGAGAGGAAGAAGCTATTCAGTTGGATGGATTAAATGCATCGCAAATAAGAGAACTTAGAGAGAAGTCGGAAAAGTTTGCCTTTCAAGCTGAAGTTAACAGAATGATGAAACTTATCATCAATTCATTGTATAAAAATAAAGAGATTTTCCTGAGAGAACTGATTTCAAATGCTTCCGACGCTTTAGATAAGATACGGCTAATATCACTGACTGATGAAAATGCTCTTTCTGGAAATGAGGAACTAACAGTTAAAATTAAGTGTGATAAGGAGAAGAACCTGCTGCATGTCACAGACACCGGTGTAGGAATGACCAGAGAATAGTTGGTTAAGAACCTTGGTACCATAGCCAATTCTGGACAAGCGAGTTTTTAAACAGATGACGGAGTCTCANGAAGATGCCCAGTCAACTTCCGAATTGATTGCCAGTATGGTGTTGTTTTCTATCCGCCTT 4 2 5' arm Macaca_nemestrina mirnest 100 hsa-mir-3652 1e-28 -55.9 .....((((.(((((((.((.((((..(((.(((((((...((((...((((((...(((((((((.....)))))...)))).)))))).)))).......))))))).....))))))).))...))))))).)))).... (-55.9)