mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGGGTTGGGGGAGGGGCCCT GGTCTCTTTCCGTTTTCACTT GTGAGGGAAGGGAGGGTCGAGGTGGGTTGGGGGAGGGGCCCTCAGGATTGGAGAGGAAATGGTCTAGGGCAAAGGAGGTGGCATGCCCAGTGGTTCAAGGGTCTCTTTCCGTTTTCACTTCAACATCACAAGCTAA GCAAAAAAAAGTATTTTTCTTTTGTGTGTGTGTTTCCTTTCAGAGTGCATAACATTTACAAAAATACACACCAGCAGCAGTCGTTGCTAAGGGCTATTAATTCCGTACCTAGGCAAACATTCTGCCACCAAATAAATGCTAACGAATATGATGCAAATGACCCAACCGATATTATACTGCTTAACACAAACCAGCTTATCCTTCAAATGAAGAAGTTACATACCTGTTTCAAAATATAGAAACATACGACGAAAATAATGTCTATACATAAGACTAACTTTTTGCAGTTTTGTTATATTCACAATTCTACACCTTGGGGGTGAGGGAAGGGAGGGTCGAGGTGGGTTGGGGGAGGGGCCCTCAGGATTGGAGAGGAAATGGTCTAGGGCAAAGGAGGTGGCATGCCCAGTGGTTCAAGGGTCTCTTTCCGTTTTCACTTCAACATCACAAGCTAA 3 0 5' arm Macaca_nemestrina mirnest 100 100 -41.3 .....((....((..((.((((((((...(((((((((((((..((((((....(((.....))).(((((............)))))..)))))).)))))))))))))...)))))))).)).)).....)).. (-41.3)