mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT CAGCAGCAGCAGCAGCAACAG CCCAGGCCCAGGCCTCCCAGGCATCACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCCACCACCACACTTCCAGTCTCCTGGGGCAGCCCCCCAGGGTGGGGGGTTGGTGGTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTGATGGGTGGGAGGGGGCGTGGTGG CCACACTGGTGATAGACCATACAAATGTGCACACCCAGGCTGTGAGAAAGCCTTCACACAACTCTCCAATCTGCAGTCCCACAGACGGCAACACAACAAAGATAAACCCTTCAAGTGCCACAACTGTCATCGGGCGTACACGGATGCAGCCTCACTAGAGGTGCACCTGTCTACGCACACAGTGAAGCATGCCAAGGTGTACACCTGCACTATCTGCAGTCGGGCATACACATCAGAAACATACCTTATGAAACATATGCGCAAACACAACCCTCCTGATCTTCAGCAACAAGTGCAGGCAGCAGCGGCGGCGGCAGCAGTGGCCCAGGCCCAGGCGCAGGCCCAGGCTCAAGCGCAAGCGCAAGCCCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCCCAGGCCCAGGCCCAGGCCTCCCAGGCATCACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCCACCACCACACTTCCAGTCTCCTGGGGCAGCCCCCCAGGGTGGGGGGTTGGTGGTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTGATGGGTGGGAGGGGGCGTGGTGGTGGTGGTGAGCAGCAGCATCAGCATCAGCATCATCATG 1 0 3' arm Macaca_nemestrina mirnest 100 100 -112.3 .(((.((((...(((((((..((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((..((.((((((...((((((((.....))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))..))))))))))).)))... (-112.3)