mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGGTGGTGTAGTGGTTAGC TACTGTTGTAGATACCGGGCT TTTTCTATGTGCTACTGTTGTAGATACCGGGCTGCCCGGTGGTGTAGTGGTTAGCACTGTCTCA GGGGGTGTTGTTTTTATTTTTATTTTACTTTTTATTCGCTGCCTCCGTGGCAGTTGGTGACAGTTAAGTAGGTTCTAGCAATTCCAGCCTTTTTCCAAGCACTCGCCCATTTCTGACATTTGGGCGCTCAGAGGACCAGTGCTGCTGTAATAGCCTAGTTATGTAACTGCTTCTGCACTTAGAGACCAAGAGAGATAAAATGGGGTGAGTATCTGAGATGGCAGAGAAGGAGAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGCAGCTTAAACCGAGGCATGAGTGAACCTAGATTGTATCAGAGTCAGGACCTGGAAGGGTAGACAAAACCCTGGCTGCTCTTTTGTGTTTCCTGGAGTCTTAACAGTACCTTTTTTTACATGTTAGAAACAAGTACTTATTGTAATTAAGGATATTATATAATAAAAAAACAACTACCTTTGTACTTTATATCAACTTTTGGATACAAATAAGAGACATTTGGGTTTTTCTATGTGCTACTGTTGTAGATACCGGGCTGCCCGGTGGTGTAGTGGTTAGCACTGTCTCATCACAGCAAGAGGGGTTCACTTCCCGGGCTGGACAACCTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCGTGTCAGCGTGGGTTCCCTCTGGGTTCTCCGGCTTCTTCCCACAGTCCAAAGACATGCAGCTAAGGTTCATTAAAAACTCTAAACTGCCCGTAGGGTGTGGATGTGAGCGTGAGTGGTTGTCTGTCTCTATATGTCAGCCCTGAGACAGACTGGCGACCTGTCCAGGGTGAACCCTGCCTTCACCCGTTGACAGCTGAGATCGGCTCCAGCACCCCTGCGACCCTTAACTGGATAAGCAGGTTACGGAAAAT 1 2 3' arm Anoplopoma_fimbria mirnest tRNA 0.0008 100 -18.5 ........((((((((((((((..(((((((...))))))).)))))))).))))))....... (-18.5)