mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTATGTGTGCATGTTTCCT GAACCATGCATATTCATTC TGTCCATGCATGGAACCATGCATATTCATTCTTTATGTATGTGTGCATGTTTCCTTGAGTTGAA GCAGTTCAAGTATAATTCCCCAATTAGCGGAGGACTAGATGAGTGTTATTGTGGTGGTGTGTGCTGGTTTTAAAAAAAAAACATGGCACACTTTTACCTGATGCTAAATGTGAGCAGAAATTTAAAATGCGTAAATCTAAATTGTGTCCATGCATGGAACCATGCATATTCATTCTTTATGTATGTGTGCATGTTTCCTTGAGTTGAATGTATAAATATCCTGCTCACACCATCTAAACCTATGTACAGCTGTGCTCACTATGGGGAGCTGCGTGTTATCAGTGTACCCC 3 2 3' arm Anoplopoma_fimbria mirnest 100 100 -19.3 ..((.((.((.((((.(((((((((.(((.....)))...))))))))).)))).)).)).)). (-19.3)