mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGATGGAGACTTTAACATGT ATTTTATTTTTTTATTTCAG GGGAATTTAATGAGATGGAGACTTTAACATGTTTTATTCTTAGAATAGCATTTTATTTTTTTATTTCAGAGTCAGCG GGGGGGGAATTTAATGAGATGGAGACTTTAACATGTTTTATTCTTAGAATAGCATTTTATTTTTTTATTTCAGAGTCAGCGCCTTATTTTCTTATTCAGAAAGCTAAAAAAAAACAAAGACCTGGGTCGACAGAGTTATGAAATCTATGTTCTGGATTCCTGAGTCTGATATGTATATATATATATGTATGTATGTATGTATCCACTCTGACTCTTCTAACATTCGTCTCCTCATCGGCACAGAAACGGTTTATTTTTCTACGTAGGTTTATGAAACAGAATCATCTTCTCAGGTGATGGAACTCCTCAGGGTGATAAAGAGAGCAGCAGTTCATGACTGTAGATACTTTGATATTAATAATCTGTCTGTAAATATACGAGCACCGCGGGCTGGATTTGTATATTCTGATCGCTGTTGACGAGACGCTTTTCATTAAGTTATATTAAAATATTCAGCAGTTATTAAGAAATCAAGATGCTGTTAAAAGGTTCTTCTGTAAGAAAACGACTCAGGAGCACAATTCATTTTTCATGTTTTCTTCTGTGTTACAAACAAAACAAAAGCCTTTTTATTATTTACGGTGTGTTTTCTGAACCGTGATCTCATACGAGAGGATATTAGTGAGAAAAAGGGAAAATATTAAAAAATGATGCAGCTCGATTGTTATATGTTATGATGCATGCAGTTCGGTTCTGGCAGAGAAACTAAGTCGTAAACACTGGATATTGAAAAGAAATGAAACTGTTCAGATGTTTTTTTTGTTTTTTTAGATCTGCCTTTTTTGAACAATCGTTTAAACTCTTTCTGTGATTTTCTGAAATGTTTTTA 3 1 5' arm Anoplopoma_fimbria mirnest 100 mmu-mir-1969 0.0009 -13.3 ..((......(((((((((((...(((.((((..(((((...))))))))).)))..)))))))))))...)).... (-13.3)