mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTTTTATAGGTTTGCATTTA AGTGGTAGCCTATTTAACACA TTATCAATGGTACGGATAAATAGTTTTATAGGTTTGCATTTACCGTTTATTTTTGAGTGGTAGCCTATTTAACACACAATGACCTCCTTATTGT GGGGGAGGTGATGATTACATTAATATGTATTATTATTATTGTTTCGTTTTGGCTATAGTGTTGAACGTGTTATTGTTCTATAGACAAAATATATGTATTATTCCTAACATTATAAACTTTTTCCAAAATGTATTAGGCTATTCACAACTACTATTCTTTCTATGGATTTTATCTTATGTTTTTACTTTTTTAATCAAGTAAAAAATAGTCAAAAATATTTTTGTGTACAACAATGTCTCTTTACATAATATTTATAATTTCAAATAATTATAGTTTTCCCGCATAATTTTGGCTCGTGCTATTGTATCATAAAGTGGGTGTGTCGCGTGCAGATTATTGGAATATCAAGTTCACTTATATAAACTCTGTAGAGCGCGTAGCACCTGATTAGGCTATAGGCTACCCTTATTAGAGTCGAAAAGCAGTGTCTTTTTGTGGCTCTGTGTGCGTTTTGCTATTATTTACTTCCACTTTAATTGTTTAGGTTGAGCTAATTAACAAGTGAATCCGCGGTCTTGGGAAAAAAGCACTTTACACGCTGATAAAGAATAGAAGTCATGTGGTGATTTATTGTTAGGATATTGTCGGTTTCTCAATAGTTCATCACGACAGAACGAGTTGTTAAAACGTTCAGCTAATAAAAATCTCAGCTCAAACACGTGACAAAAGACAGTAACGAACTGATATTTATCAATGGTACGGATAAATAGTTTTATAGGTTTGCATTTACCGTTTATTTTTGAGTGGTAGCCTATTTAACACACAATGACCTCCTTATTGTATTTATCTGCTGCACAGTGACTGTTCGGGTCATTT 5 0 5' arm Cyprinus_carpio mirnest 100 100 -19.4 (((((.........)))))...(((..(((((((..((((((...........))))))..)))))))..)))..(((((((.....))))))) (-19.4)