mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACTATACAACCTACTGCCTT GGTAGTAGGTTGTGTGGTTTC TCGTACAGGGTGAGGTAGTAGGTTGTGTGGTTTCAGGGTTGTAATTTTGCCCCATCAGGAGATAACTATACAACCTACTGCCTTCCCTGAAGGG CGGCCGGGGCAGCTTTGATTTTTTACTTTGATTTAATCTAATATTTCACATGTTGGTCAAGCATTCACGTGAATCCATAAAGAGGACAGTATACGCAGAGAGTGACGATAACAATATGGCAATTAAAAAAAAAAAAGACATTTTACATGAGAGTGATGCTGTTGAACATCATTCATTCTGAAATTTCTTGAAATCTTTTTTCTTTCTTGTATTGGCATATTTCCTTCTGAAACAGAAGTTTGAGAAGTTTGGGACATATTCAGGGCTTATTCCTTTTCATTAAATAGCCAATAGTCTTCAGTTACATCACAGTCATGAATGATTTTGATTGGACAAAATTCAATGTAGTGAAGCTTATCAGTATTTGTGGAAGAAACAAAAGACTAAATTGAGGAATACAGAAGCATGTAGGTGTGTTCAAAGCTAACAAAAACTGCAAAACTTTGAAACGATTTCTATATAAATATATATACTAATATAAAAAGGTATACACAGTATACTGCATTATTGATTTGAATTCAAAAGGTAAAAATGCGTCGTTTTGTTGTTGTGGAATATTCAGCAATGATGTTCGTACAGGGTGAGGTAGTAGGTTGTGTGGTTTCAGGGTTGTAATTTTGCCCCATCAGGAGATAACTATACAACCTACTGCCTTCCCTGAAGGGGCAGCATACATCACCAGACACAGTTCATCCACTCT 0 0 3' arm Cyprinus_carpio mirnest let-7 3e-32 dre-let-7b 7e-39 -40.7 .....(((((.(((((((((((((((((((((((.(((..(((....)))))).....))...))))))))))))))))))))))))))..... (-40.7)