mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGCTTGTGCATGTGTGT ACGCACGCACAGGTGGACACA AAGCGTTTGTGTGTGTGCTTGTGCATGTGTGTGCAAATGTATGTCTAAGGTGCCCATGTGACTCCTGCCGATATTCACGCGCACACGCACGCACAGGTGGACACAC ATTGTGAAAGTCAAGCGAGAAAAAGGAGCAGAAATAAGAGTTGCATGGCAGAAATAGAGGAGGAATTTGAAATCTGTCCTCAAAATGCTCTTCTGTCACCAAGGTCAAAGATCCAACGTTGTGTGGTGCCTTCCATTTCCCTGGTGCTAGAAACAGCTTGAGCAGAGCGAAGCGTTTGTGTGTGTGCTTGTGCATGTGTGTGCAAATGTATGTCTAAGGTGCCCATGTGACTCCTGCCGATATTCACGCGCACACGCACGCACAGGTGGACACAC 2 0 5' arm Cyprinus_carpio mirnest 100 100 -39 ........((((((.(((((((((.(((((((((...((.(((((..(((.............)))...))))).))...))))))))).))))))))).)))))) (-39)