mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCGACAAGTAATTCCGGAC CTGGAATTACTTGTTGGAGAA GGATAAAATGTACTACCTCGGTCTGGAATTACTTGTTGGAGAAATAGATGTATCCAAGATGTATTTTAAGTTCCAAGATTCATCCATTTTTAACCATTTCTGCGACAAGTAATTCCGGACNGAAGGGTGTATCCAAGTT ACTTATTCTCCCTGTTGCTCTGCTGCATGCTGTTGCATTCGCTCTTGGCTATTGGATGTCGAAATGGTCTTCTTTTGGGGAATCAACTTCTAGAACCATCTCAATTGAGTGTGGAATGCAGGTACACAGATATTTAAATGCTCAGATTTAATAACATTATGGTTCTTATATTATTGACCTGGATATTAGGAAGGTAAATTTAGTGAACGTATCTACTTAATGCAGTCTCTCGTGCACTACCTATTTAGATTCAGTTCTTCGTGTAGTTGTTGCTGAAATATTGACGTCTAAATGTGCAAATATGTTATATCTTTCTAATGGTGGTGGACACTGGACGCCAAAAGGCCCAAGGGTAAGGATAAAATGTACTACCTCGGTCTGGAATTACTTGTTGGAGAAATAGATGTATCCAAGATGTATTTTAAGTTCCAAGATTCATCCATTTTTAACCATTTCTGCGACAAGTAATTCCGGACNGAAGGGTGTATCCAAGTTTACGTTAACAACACCGTGCTAAATTTGAAC 1 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.000000000009 tae-MIR1135 0.00003 -40.6 (((((.....((((...((.((((((((((((((((((.((((((............((((.(((((.......))))).))))...........)))))).)))))))))))))))))).))..)))))))))..... (-40.6)