mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGCTTTTTATGCCTTTTG GAATTCATAGGGAACAGGAC TGTCATCCTTTCGAGATTCCTTTTGGCTTTTTATGCCTTTTGTTTTGGGACCTTTTACGCTATAACTGAATTCATAGGGAACAGGACCTTTCTCGGCATCATATT CCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGGGGAAGGCGGGCTTTATTTTCACACAAAACTAAGTAGTTTTTCTTTAAAAGAAGTTTCTATATTCTATACAAATATACCTATATACCCAGTACTGGAAACGATTTAATAAGTAGTATTTATATAAGAGATTGGAAGCCTTATCAACTTACGAGTAAATAAGGGAGTAAGTGAATAAATGGAAGAAGGTTGAGACACATGACTGGTCTTCAACGATGGCAAAACAAATATAAATCGGGGGGATATTGGAGATTTTAAGAGCAGCCTAGTTGGAGTAGTATTTCTTTTGACCGAGATCATCGGGGTGGCCTATGTATTTAACCCCGGGAATCGGAACTTTGATATTGGGTGGTTTTCGCCCCACTATAGCTTCAAAGCCAGTCTTCTTATCGGACTTGTAATGAACGATACGTTGGGGTCCATCGGAATCCAACAATTCATAATAACCTTCGACTTTGTCATCCTTTCGAGATTCCTTTTGGCTTTTTATGCCTTTTGTTTTGGGACCTTTTACGCTATAACTGAATTCATAGGGAACAGGACCTTTCTCGGCATCATATTTCTCTTC 4 1 5' arm Teleopsis_dalmanni mirnest 100 100 -15.4 ..........((((((....(((((..((((((((..(((.(((.(((...........))).))).)))..)))))))).)))))....))))))......... (-15.4)