mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTGCTGCTGCTGTTGCTGCT AAGCAAAAGCACAGCAACAA TACAAGCAAAAGCACAGCAACAACAACGAATAAACAAACAACGAGTCTACCGTTGACTGCGCTGCTGCAACGTTTGTGTCATTCCAACTTCAGATATTTAAACAAAACTTTTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGCT GAAAAATTAATAAATTTTTAAATAAAATAAAAATTTCTACTTCGCTCGCTGCGTACAGTAAAATCTCACATATGCGAGGTAGCCAACACAACCAACACAGCGCACGGCCAAGTGTTTCAACTGCAAAAATCTTAAGAAACCGGCATTGCATGACGTCATACAACACTTAATGTATGAGTTAAAATTTAAAATTTTAATATAACAAAACAATAACAAAATAAAGTTGAAGAAAAAAAGTAAATAAAAGCAAGAAAATACCGAAAAGAAAAAGTGTAGCAATTCAGTCCAGTCAGCCTTTTGCTACGCCAGCACGTAAACGCAAATAAAGAAGAAAAAATTTATTTGTGTATCTTCTTCTCCATGCACAAAGATTTAACTTCAACGTGTTCAACAAGAAAACAAAAATAAAATTTTGAAAAAAAAAGTATATTAAAAGAACTAACAGAAATAAACAAAAAAAAGCAACGCCAACAAAATAAATAAACAATAAGAGAACAAAAAAAAAACTACTTCAACAAGGAGGGAAACCACAACAAGAGCAACGCTTACTGCCTCCAACCCCAACTACAACAAAAATAAAAAATGAAAATACAAAACATACAAAATAAAAAACACTACAAGCAAAAGCACAGCAACAACAACGAATAAACAAACAACGAGTCTACCGTTGACTGCGCTGCTGCAACGTTTGTGTCATTCCAACTTCAGATATTTAAACAAAACTTTTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGCTA 5 1 3' arm Teleopsis_dalmanni mirnest 100 100 -25.7 ....(((((.(((((((((.((.(((.((((..((((((....((((.......))))((......))...))))))...))))..........................))).)).))))).)))).)))))... (-25.7)