mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGCACCTCTTAGAGTGTT CATTTTAGGGTGCATAGCC AAAAAGGTGGGTTTGGCACCTCTTAGAGTGTTAAGCCTCAAACGGTCCACAGGGGGAGCTCTCGCGTTACATTTTAGGGTGCATAGCCGAAAAAAT GTGTTGCAAAAAGAATACAATAGTACAACAGTGACAACTAATTAATGAATCATTTTTTGTACCGGGGGAGAGACTCCCACATAAAAAAGACGGGGGTGTTCGTCGTACCTTTTAAGGGTTAAAAAAGGTGGGTTTGGCACCTCTTAGAGTGTTAAGCCTCAAACGGTCCACAGGGGGAGCTCTCGCGTTACATTTTAGGGTGCATAGCCGAAAAAATATGACAGGAGATATGGGAGTACATTCCAACATTTTAAGGTTTTAGGAGATAATGTGTTGTTTTAGATTTGTTACCTCTTTGGGGTGAAAAACATTTCAAGCCACGCCCTAAAAAACAGGATCTTGGTACCTCTTACAGGCTCTTCTCAAAATTTCCGACGCGCACCCTCGTCCTCTTTGTATGAGAGATCTCCTCGGGGGGGAGGGGGTTGTACTTTGTCATCCCCAATTTTACATTAATTTTGATCACATCTGAAATCTAAATGTATTTCAAACTACAGCATAATACTTCAAAACTGAGTTAAACCAAGTTCCTACGACTGGCTTCTCTAATCACTCTATCAAAAAGCATTTTGTGACGCTCCTTTTGAGAAAAAACTGCTATGGAGCTCTCTCAGTCATGGTACACATCATTAGATTCCTGTTTGGT 3 2 5' arm Montastraea_faveolata mirnest 100 100 -25.3 .........((((..((((((..((((((((...((.........(((.....))).......))...))))))))))))))..))))........ (-25.3)