mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAATACAAAGTTGAGTCATTT ATGACTTAATTTTATATTAAA CTACCAATATACTCCCTCCGTTCCGAAATAAGTGACTCAAAAATGACTTAATTTTATATTAAATTAAATACAAAGTTGAGTCATTTTTGAGTTACTTATTTTTGGATGGAGGGAGTAACACAGTT AAGCTGGACAAAGAAATCTATTTGAGGGCAAACTGCTTCTGCACCTTTGCAGTGCAGTACAGGAAAATCAACAAATATGTACATCGACGTCCTAGAGTGTCTGCTCTTTGAAAGCAAAATAAAGTTAAAAAGGAGCATGAGAATAAAGCCATGCTTGTGCCAATCTACCAATATACTCCCTCCGTTCCGAAATAAGTGACTCAAAAATGACTTAATTTTATATTAAATTAAATACAAAGTTGAGTCATTTTTGAGTTACTTATTTTTGGATGGAGGGAGTAACACAGTTGAAGCGCCTAGTGACCATTACAAGGAAGATTAGAAACACCAGCTGGTCACCGAATTGCACGTTTAGAACACCTATGACGAATGACAAGCTTCTGATGCTTTCATTGAAGCTCAGACAGCATATCGCCTCGAGATTTCTCGCTGTTCTGCGGTGTCATAAGTCATCTCCCCACTCTGAAGTTTTTGAAAAGCACCAATCTGTTATGTTATCCCGATAGCACGGAACCGTAGCATCTCATCGGTGTAACATATCTTAGAACCATGCATGTAAGCAGATTCTTCAGCTTCAGCCACCTTCAGTTCTGTACATCTTAGCACACATGTCATGGGATGAACTCGCGAACTCCCTAGTCCCGACCTCCACTAGGTGCAGAGCTTGACCGTGCATGCCACTGTCTGTGCCCAATACTTG 2 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 5e-19 osa-MIR812i 0.00002 -61.2 .........((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.((((......)))).))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))........ (-61.2)