mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTTGTTGTTTTTTTTTTTG AAAGGTTAAAATATCAGAAGCA AACAAATGTTTTTTTTGTTGTTTTTTTTTTTGCTGGAGACATCACGTGATGTGGTGTAACTTTCTAATGAATGTTTTAGCCATTTTCATGGTGGAAGAATTTTATATTTATGCAGTTGTACAATTTTTTTCACAGGAAAAAGTTTAATGTATGAATCCAATACCAAAGTCACTGGTGAAAGGTTAAAATATCAGAAGCAATGCAGTA GGGCATCACTTATGTGTGTCTTTTTGGATCACCTTAAAATATGGGACAGAGGGTTTAATGACATTTCAGTTTGATGCTTCTTCTTCCTACTGTCCACCTCTCCTCGTTTTGTGGCGTAGAGTTTGCTAGCTAGCTGTGTACTGTTTTCATCAACAGGCAGAGGAGACTAGCTGCCTTTGTCCTTTACGGAAACACTGAAGGCAACTCAGTGCTTTTAAAACAAATGTTTTTTTTGTTGTTTTTTTTTTTGCTGGAGACATCACGTGATGTGGTGTAACTTTCTAATGAATGTTTTAGCCATTTTCATGGTGGAAGAATTTTATATTTATGCAGTTGTACAATTTTTTTCACAGGAAAAAGTTTAATGTATGAATCCAATACCAAAGTCACTGGTGAAAGGTTAAAATATCAGAAGCAATGCAGTACCCCTTCTAGTAGGATGTTTAGTTGGTGTAAAAGTACTTAATGTTGAACATCAGAACACTTTCAGGAGTCCATCTGCCCGTGTCATTTTATTTAATCTGGGTAAGACCTAAAGAAAAATAAATGGAG 2 1 5' arm Esox_lucius mirnest 100 100 -42.5 .......(((.((((((.((((((.(((((((((((.(((....(((((.(((((..(((.(((....))).)))...)))))..))))).(((...........(((((((((....((.((((((((((...)))))))))))).)))))))))......)))..))).)))))))))))..)))))).)))))).)))...... (-42.5)