mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTGTGTGTGTGTGTGTGTG TGCGCGCGCGCGTGTGCATATTT AATCTTGCGTGAATACGACAAATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGTGTGCATATTTGAGCGTTATACAGTAGTT GGGGTATGATTCGCTTTTGTGTTTATCAGTCAATTTGAACTTTTTTTTTGTACAGAACCAAAAAGTTTAGCCTACTCATACTAACAAGAGGTACAATATTAATTTGAACATGGAGAAGGTGATTTACATGGATATAATTGTGCCTGTACATAGGCTTACCGTAAGCATGGCTACAGTAAGAGAAAACACAGGTTACAGATCAAGGTGCCATCCCAATGGCAAAGTATTCCCTTTAATTCTGGAGTTCAACTACAGTACTGTTCATGGTCTGAGTGCACCATAATCTTGCGTGAATACGACAAATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGTGTGCATATTTGAGCGTTATACAGTAGTTTAGGTTTATCAGCGTGGTCAGTGAAAGTTGTGTGTGTTGCTGTTATAGTAACGGAATGGATCTCTCTCATTCTGAAAAAATGATTATGGTGAAACTCTTGAAAGAATATAATATTGAGGATGTTCCAATTGTTTAACTTGTGACCAAAGTAAACATTGTTTTCTCACCTTTCTTTCTGTACATTTTTTTCTAGAGATGCTTGAATATTTTTCTCTCAATGCCAAGAAGCTGAGGTTTATTTTTGTACTTCATTGTTTCATGCA 4 2 5' arm Esox_lucius mirnest 100 100 -23.7 ....(((((((...(((.(((((.(((((((((((((((....)))))))))))..)))).)))))..)))..))).)))).. (-23.7)