mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGTGCAATTTTAGCAAGTA TTTGCTAATATCACAAAAA TTCCTTCATTGCATTTGCTAATATCACAAAAATGGATTGTGCAATTTTAGCAAGTATTTTCAAGAA GTGGAGGTTTTGTTTATTTAATCCAGCTTATTGTTGTATTCCTTGTGGACATTGATCTTTTAAAAAGGTTTACAAATGTTATGTTATTCATAATAAAGAAGCCAATATTTCTAAGTTGCCAAAATCCTGAGGTCAAGGGTTGAGATGGGAATTCACATGAAGACAAGACAATACCTTTTTCACTCAATTTGTCTATTTAATATATAAAATACGGTAAAACATACGCAAAAAGGATAAGGTTTCAAGGGACTTGGATACTTTGGTACAACAAACACTTTTCTGTAAAAGCGGTATAGAATTTTAATAACATATCAGTGCATACTTTGTATATGAAAATATACACAAAATGTATATCATTCTCAAAAACAACAAAAAGAATTACAGAAGAACCCAAAGCAGTACAATATATTAGCTATAATTTTCATCTTAAGTTTATGCTACATTTGAGTTTATTTTTTACTCTAATTTGTGATGCATTTCCTTTATGTTTAATGTATTTAACATGAGCATTGTTTTTAGTTCCATGCATTTACGATTTCAAATTCGGTTACTTGCTAATTTCAGGTGTTCCCCACATTATAAATACAGTTTCATATCTTATTCAAAATTGCAGCATTTAACTGGTATTTTCCTTCATTGCATTTGCTAATATCACAAAAATGGATTGTGCAATTTTAGCAAGTATTTTCAAGAAAGGAAACCAGTATTTTATATATCATGTATATAAGGTTGATTAAATAAAAAGTTGGATATTCTACAAAGTAGCAGAAAAATAAAAGCTCCATAGTAATAATAATATAGTATTAATAATAAGACAATGGAACTGTCACCAGCACAAATTAACACTTGAAAAATAGTGAGATCTAGAAAACATTTTACACAAGAAAAAAGGGTGCAGGTTTTTCCATTTACCATTATAGATTGTCTTGAGACTACAATTGCTAGATTGGACAGAGAACGTTTTGTACATGAGTTACCTACCAGTGGCAGGGTGATAAAACCAATCAGTGAGGTGCCACATCTC 3 2 3' arm Esox_lucius mirnest 100 100 -11.7 ............(((((((((.(((((((.......)))))..)).)))))))))........... (-11.7)