mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATATACTCCCTCCGTCCGGA CGGACGCAGGGAGTATTATATA GCATGTGCTAATATATACTCCCTCCGTCCGGAAATACTTGTTCTAGAAAATCATGTATTTAGACTTATTTTAGTTATAGATACATTCATTTTATTCATTTCTAGGACAAGTATTTTCGGACGCAGGGAGTATTATATATGATCCA GGAACATCCCCTTAGTTTGTTAGGACAGACGCAATGGAAGGGGTGGAACCTTATCCTACCCTCTAGGCATCGACCCAACCATCAGAGACTACCCATAGCACAGGTGGACAATGGATATGCGGATGCATTTTTTCTGAATCTTCATGCATATTTCTACATGTTACCCCTTTTATCTGTCAAACTAAGTAGTAACGCTACAAATGTGTCAATTTGTTTCCTATATTTTGACTAAATGCATGCATGTGCTAATATATACTCCCTCCGTCCGGAAATACTTGTTCTAGAAAATCATGTATTTAGACTTATTTTAGTTATAGATACATTCATTTTATTCATTTCTAGGACAAGTATTTTCGGACGCAGGGAGTATTATATATGATCCAACTTGACGGGGTGGAAATTTTATACAAAATTACTTACAATTGTATCATATTTTATATTGAAACAGAGAACCCAACGAACAATGAGCAAGGAGGGCCAAACATTTTGTAACGAACTGGAGAACGCCGTGAAGCAAAAGGCAGGACTGCATCTGCATCATTAGTGGATTATAACATAATAATGGTGCATGTCATCATACATAACTACCATG 1 1 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 3e-30 tae-MIR1128 0.000000007 -54.2 ((....))..(((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((...(((((((((((((......)))).)))))))))............))))))))))))))))))))))))).)))))))).)))))........ (-54.2)