mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATGCTGCTGCTGATTCAGGT CAGAGTAGTAGTAGTTTTTCT TTCATCGGGAGGATGCTGCTGCTGATTCAGGTATCCATAAAGGTAAACTGGATGGTCATGATGATGATTAACGAATGTATGAATTGAGGACTCCACCAGAGTAGTAGTAGTTTTTCTTTTATAAA CAATTTAATAATACTCAGCAAAATTTACAAATGGGCAATTACATATTGTTCACAGACAAGTAGTAGTAGTAAAGGGTAAATATGAATTATTTTTCTTCTATCAATTAATAAATGATAATAAACATAATAATGAACTTTCAACAAAGTAAATAATAATAATAATTAATGAATTAGATGTCTAAAGTTGATAATAAGTAGCTTGCCGTGTAATAGCTAGGAAGGAGTATGCACTAAAAAATAATCATTATTGACAGGATGTAAAGGGCCTTAGGAAGTTATGGACAATAATAATAATAATATTATTCATCGGGAGGATGCTGCTGCTGATTCAGGTATCCATAAAGGTAAACTGGATGGTCATGATGATGATTAACGAATGTATGAATTGAGGACTCCACCAGAGTAGTAGTAGTTTTTCTTTTATAAAACGAGACGGCTGCGCTGTTTAGTGATTGTCTAGGCGACCGCTGGATTTATGGTCGTAGCTGGATCTGGATGAGCCTCGGCCGGATTTGGAGGCGTTGGAGAGTCCTCGCGTTCTTCGGGGCGTGTTGTGTCGCATCTCTGAGGCCATTTCCACATCCTCTAGCTTTTGAGTGAGGGATAGCTTTTGATGGATGGCCATTCCCCC 2 2 5' arm Caligus_rogercresseyi mirnest 100 100 -26.5 ......(((((((.(((((((((.((((.(((.(((.(((...((.((....(((((((....)))))))......)).))..))).)))....))).)))))))))))))..)))))))..... (-26.5)