mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTTATGTCATATCTTTAGGA CAACCAGATGTATATATAATGTT AAGTATCAATGGGCTTTTGATCCAACCAGATGTATATATAATGTTGAATATGTTATGTCATATCTTTAGGATCAGTGTAGATGGATACTC GGACATGATTTAAAATTGTTTTATTGTTACACAACGTGGATACATATATGTGTGTATTTTGTTATTATTAATATTATCAAACTTAATTATTTTATCTATTTTATCTCATCTCACTTGTTTGATATTATTTTATATTTTAATTGATAAAAAGTCTGCTACATTTTATAATTAGTTTTAATGTACATTTTTATATGCCTGTTATTATTTGTGTGTATGCTTTCATGAAATAAAAGATTATGACGTGTAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAACATCTTATTTATAATTCATAAAAATATCAAATAAAAGACTATCATATTAATATATAATTGCTTGCTACGAAATAACTATACATATTTTATAATTCCCAACATAAATATGAAAAATTTAATATACAAAACGCTATGATTAATATAGGATGTTAGAGGGAAAATCTTGGAAAATATTTTATGATCCTTCCGACAGATGTCCACGTTCCTCTTTCTTCCAGCAGGGGAATTTTCAAGGATAATTCTTCGTTTACTCCATATTGAAGGAATGATCACTCATTGATCGCCTGTTTCCTGACAATTGAAGGCAAGTCGAAGTATCAATGGGCTTTTGATCCAACCAGATGTATATATAATGTTGAATATGTTATGTCATATCTTTAGGATCAGTGTAGATGGATACTCTTTAACAACGTTACTGTTGAAAAATCAGATGAAAACTGATAAGTTCTTAAAAGCAAATACAAAGGTGTATCCCCC 4 2 3' arm Caligus_rogercresseyi mirnest 100 100 -22.1 .((((((.....((..(((((((....((((((..(((((((((.....))))))))).))))))...))))))).)).....)))))). (-22.1)