mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTATTTGAATCAGCTGTG CAGCTCATTCAAATTATCTAA CAAACTCTGTCCTCAGCTCATTCAAATTATCTAAACTTGGTGATTATTTGAATCAGCTGTGTAGTGCTAGG GGTGCAGGACAAGAAAGCCAAAGGAGATGGAGACATTAGCAACATGGGCATGTTTTGAACCTGATCCACCCCCTCTAAATCATGTGTCAAACTCATTACACCTAGAGCCGAGTGTCTGCATGTTTTCACTCCTCCCTTGTACTTAATTCATGAATTAAGATCACAAATTATTAAATAGCTCCCCTCACCTGGTTGTCTAGGTCTTAATTGTAAGCAAAAACCTGCTGACAGCGTTTCCCAAACTCTGTCCTCAGCTCATTCAAATTATCTAAACTTGGTGATTATTTGAATCAGCTGTGTAGTGCTAGGGCAAAAACCTAAACGTTCCCCCCTTGGGATCCCAGGGACTGAGTTTGGAAAACTCTGCACTAGGCCCTCCATTGAATGAGTTTGACACCACTGCTCTAAATCTACCAACCTTCCAGTCCTTCATTAGTTTTTTTTATTTTTGTACATTGATTTTGCATTCCAATGCCCTCTTAAAAGACCTTAAACTGGTTGAAAATGAAAGTTTGCAGTACTGTTAATCCTCAAATCATTCAAACGGTGATAACTGTGTTAAAATCCCACTTCATTAGGAAGATCACAAAGTATATTTGTGAAGGTAAAATTGCATTCATGTATGTATTCATTCATGCATTTCAGAATAAAATGTAAAAGTTATTCACTCT 5 0 3' arm Caligus_rogercresseyi mirnest 100 100 -15.8 ....((..((.(((((((.((((((((.(((..........))).)))))))).)))))...)).)).)). (-15.8)