mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGTGTGTGTATGTGCGA GACGCACGGCGCACCCACTGACA GCTGATGCTTGCTTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGCGATTCCGGCCGCGTACTGATATAATGCCCGTGGTTGCTCTCTGCCACTCAGAATAATTAATCGACGCACGGCGCACCCACTGACATTGCCACACTTAACCCTGCTGGAGTTTT CTCTCGGCTGCAGCTGCAGCTCAGCTCATCACTGCCGCTGCTGCTTCCTCTTCTGCTGCTGCAGCCGCCGCTGCTGCCTCTACTTCTCGGGTCTCTTCAGAGCTACCCCTCACTGATGCAGTTTCAGGCGACATAAGTGTGAGTGGGAATCGTTCGCTGGAACAACTTACTGCCCAATTTATGGCTGCGGCTGCGGCGGCGGCCGGTAGTGGAAGTGGTAACACTAGCAGCAACAGTAACAGCAATACCACTCGACCTCGCTACCTCTAGGCCTTCCACGCGTCATTCTCTCTGTGCTCTCTGTACGTGTGTAAAAATTGATTTATTGATGATATTGTCCTCATCCCTTTCCGATCCTCCTACTTCTTTCCCCCTCCACCAATGTAAATAGGTATATATGCGAACACTTACATGCTCCGTTGCCGAACATTCTGTGATTATTTGTTTCCTTTTCCTCTCCTTTGTTTGTATGTGTGCTGATGCTTGCTTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGCGATTCCGGCCGCGTACTGATATAATGCCCGTGGTTGCTCTCTGCCACTCAGAATAATTAATCGACGCACGGCGCACCCACTGACATTGCCACACTTAACCCTGCTGGAGTTTTGTGCGTCCTCACTCAAGTACAAGCATTCACCGGATCGAGCAACATTCCCATTCAAGAGCCCTTGCGTGCGTGCGTGTCATTCTTGGCATATGCAAACACTGCCTACACT 4 2 5' arm Taenia_solium mirnest 100 100 -38.9 ((....))..(((((((.((..(((((.((((..(((.((((((.(((((((((.((((((((...............))))))))...((((.....))))......))))).))))..)))))).)))..))))...)))))...))..)))..))))... (-38.9)