mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGTCGGTCGGTCGGTCGGT TGGCTGACTGACTGACTGACT AAAGAAACGAGCTCGCTCAGCTTGCGGCTGGCTGGTGGGCTGTTTGGTCGGTCGGTCGGTCGGTCGGTCGTTAGGTCGGGTGGCTAGCTGGTCGATTGTGCATGCGTTGCGTGCGGTTGGCTGGCTGGCTGGCTGGCTGGCTGACTGACTGACTGACTGGGCCTGGTGGCTGGAGGTGAGCAGAGTGAATCGTGGGCGGATC CACCACCCCTCTTGTGGTGTCCGGTTAGCTCTTGTGGGCCCTTGAAAATCCGAGGGAGGCGAAGTTATTTTCGTGGCAGGCCGTACCCATATCCGCATCAGGTCTCCGAGGTGAAGAGCCTCTGGCACTAGAATAATGTAGGTAAGGGAAGTCGGCAAATTGGATCCGTAACCTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGCTGAGTCAGACAGGCTGGAGAAAGAAACGAGCTCGCTCAGCTTGCGGCTGGCTGGTGGGCTGTTTGGTCGGTCGGTCGGTCGGTCGGTCGTTAGGTCGGGTGGCTAGCTGGTCGATTGTGCATGCGTTGCGTGCGGTTGGCTGGCTGGCTGGCTGGCTGGCTGACTGACTGACTGACTGGGCCTGGTGGCTGGAGGTGAGCAGAGTGAATCGTGGGCGGATCCAGCTACACGTACGCCTCGGTGGGATGGCGAGCAGGCGTGTGGATGATCGGTTGGTTGGACGGTCGGTCTGCTACTGGCCTGCTTACTTGCCCATTCACCCGCCCTCCCTCGTGCTTCCATCGTCGAGGAGTGCTTGTCTGACGCCAGACAGCCAACTCAGAACTGGCACGGACCTGGGGAATCCGACTGTCTAATTAAAACAAAGCATTGCGATGTCTGCTGATCGGTTTTGACGCAATGTGATTTCTGCCCAGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAACCAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCTACTGTCCCTATCTACTATCTAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATCAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCCGACTCTGTGAAGAGACATGGCGGGTGTAGCAATAAGTGGGAGGCTCGACGTGCTGCTGCTGCCGCATGTCGAGGACGTCAATGAAAGACCACTCCCATCATTGTTTCTTTACTTATTCAGTGAAGCGGGATAAGCAATGAACAACAAACATGTGTGAAAAGTATTGGCTTTCAAGCACGTGTCAGCAT 0 0 5' arm Taenia_solium mirnest 100 100 -105.2 ......((((..((((((.((((((..(((((((.((((((...(((((((((((((((((((((((((....((((....(((((((((((((((..(((((((...))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))..)))))).)))))).))))......... (-105.2)