mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTTCCTAAATATAAGCC CTTATATTTAGGAACAGAGGG ATATGTCCAACATACTTGTTGCCTTTGAAAGTTTCTACTAAGTTGAACTACCTCCGTTCCTAAATATAAGCCTTTTTAAAGATTTCACTGGGGACTATATACGGAGCAAAATAAGCAAATCCATACTTTAATGTGTGTCTATATACACCCGTATATAGTTTTCCTAGGAAAACTCTTAAAAAACTTATATTTAGGAACAGAGGGAATAATCGAGAAATCAGTTGCTATGTATGC GCATCGCCCCGCACGCTCGCAGTGCCGCGCCGATCGCCACCCCCTCGCACCGGACGCTCGGTGATGCCAATGTGGAAGAGGGGAAAGGCACCACCGAGGGAAGTGAGGCGCGCCCCGTGAGCTATTCTTACACCTTCTTCCACCTTATATTCGCCCTGGCGAGCATGTACTCGGCCATGCTTCTGACGGGCTGGACAAGCGCCACTTCAAAGAGGTCGGAACTGATGGATGTCGGATGGACGACCGTCTGGGTGCGCATCTGCACGGAGTGGCCTACTTCAGCGCTGTACATCTGGACCCTTGTTGCTCCGCTGCTCTTTCCTGACCGGGATTTCTCATGAGCCTGTCCGTTGCATTTCATCGCAGATTATCCATGAAATGGCCTGCTTTGAAAGAGCTAGCAAAATACATGTGTGTATATATGTCCAACATACTTGTTGCCTTTGAAAGTTTCTACTAAGTTGAACTACCTCCGTTCCTAAATATAAGCCTTTTTAAAGATTTCACTGGGGACTATATACGGAGCAAAATAAGCAAATCCATACTTTAATGTGTGTCTATATACACCCGTATATAGTTTTCCTAGGAAAACTCTTAAAAAACTTATATTTAGGAACAGAGGGAATAATCGAGAAATCAGTTGCTATGTATGC 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.0000000000002 tae-MIR1126 0.0000000002 -60.5 ..........(((((.....((..((((...(((((.....((((.....((((.(((((((((((((((..(((((.((((((((.(((((((((((((((((......(((.(((....(((......)))..))).)))......)))))))))))..))))))))))..)))).)))))))))))))))))))).))))...))))..)))))))))..))...))))). (-60.5)