mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGAATGTATTGGAGGTT TCTCTGAGCAATGGTTGAACTTT ATCATACTTAAAACACAGCTAATCTCTGAGCAATGGTTGAACTTTATTTTAGCAGTTGTGCTGGATGTAGTTCAGTGGACATTTAATTTCGTTTGGTTAAAGGCTCCTTTGTATCAAGTAAAACTTAAAGCAAATCAGTGCACTGTTGTAAATATTGTGTGAATGTATTGGAGGTTATTGGCTAGTGAAAATATT GCGCTCAGGGCTACCACCGTACTGCGTCTCCGTTCACCCATTGCTTTGTGTGTGAGAGGCATGTCAAAGGGTGAGCCTGGTTCAGGTTCTGGTCAAGGTGGTGGTACTGGTGGAACAATCAGGGATGCTGGCGGTTCCTTTGGTAAGAGGGAGGCAGCCCAGGAGGAGCAGTATTTCCGTAAACTGCAAGAAGACCAGTTGAAGGACCTTAAGGGGAAGACGACAGAGAAGGAAAAGGGCACCACAAAAGACAACAAGTGATGACAATGATCTTCTGGCTTCTTACAACATCAACAGCTGGAAAAAATGAGGCAGGGACTTAAGCAAGAAGTAAAGTTTCATGAAGACCAGATCAAGGCTCATAAAGATGCTATCAAGAGACATCATGAGCGTTTGGATGATCTTAAATGAGTTGCAGGAATATAGAAAATAAAAAAAAACGTAGTTTGTTTGCTCTTAATCATAAGTGTATCATACTTAAAACACAGCTAATCTCTGAGCAATGGTTGAACTTTATTTTAGCAGTTGTGCTGGATGTAGTTCAGTGGACATTTAATTTCGTTTGGTTAAAGGCTCCTTTGTATCAAGTAAAACTTAAAGCAAATCAGTGCACTGTTGTAAATATTGTGTGAATGTATTGGAGGTTATTGGCTAGTGAAAATATTTGTAATAAGGATGCCTAAGTG 4 2 3' arm Homarus_americanus mirnest 100 100 -38.1 .............((((((((((((((((...(((.(((.((..((((((((((((.(((((((.(((.((.(((.(((..(((((((......)))))))...))).))).)).((((...))))...)))..)))))))))))))).)))))..)).))).))).)))))))))...)))).)))........ (-38.1)