mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGAATGTATTGGAGATT TCTCTGAGCAATGGTTGAATTTT AAACACAGCTAATCTCTGAGCAATGGTTGAATTTTATTTTAGCAGTTGTGCTGGATGTAGTTCAGTGGACATTTAATTTCATTTGGTTAAAGGCTCCTTTGTATCAAGTAAAACTTAAAGCAAATCAGTGCACTGTTGTAAATATTGTGTGAATGTATTGGAGATTATTGGCTAG TCATAAAGATGCTATCAAGAGACATCATGAGCGTTTGGATGATCTCAAATGAGTTGCAGGAATATAGAAAATAAAAAACATGCAGTTTGTTTGCTCTTAATCATAAGTGTATCATACCTAAAACACAGCTAATCTCTGAGCAATGGTTGAATTTTATTTTAGCAGTTGTGCTGGATGTAGTTCAGTGGACATTTAATTTCATTTGGTTAAAGGCTCCTTTGTATCAAGTAAAACTTAAAGCAAATCAGTGCACTGTTGTAAATATTGTGTGAATGTATTGGAGATTATTGGCTAGTGAAAAATATTTGTAATAAAGGATGCCTAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCCTGTTTTATCAATTTCTGTATCAGAAGGATGGGAATTTTCAATCCACTTTCATCATGGTTGTTTTTATGTAGACACAAACTTTTCCTCGGGAGTTGTCTTTCATTCATTCTTA 4 2 3' arm Homarus_americanus mirnest 100 100 -37.3 ......(((((((((((((...(((.(((.((..((((((((((((.(((((((.(((.((((...)))).((((((((.(((((((..((((...))))..))))))).))).))))))))..)))))))))))))).)))))..)).))).))).)))))))))...)))).. (-37.3)