mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGCTGGTGCTGATGCTGTT CACGTCGGGTGCCGGTGTGGC CGACACGTCGGGTGCCGGTGTGGCATCTATGTTGGAGTGTGCCTATGCTGGTGCTGATGCTGTTGATGTGGCT CGACACGTCGGGTGCCGGTGTGGCATCTATGTTGGAGTGTGCCTATGCTGGTGCTGATGCTGTTGATGTGGCTGTTGATTCCATGTCTGGGATGACTTCCCAGCCCTCCATGGGTGCTGTTGTTGCCAGTTTGATGGGGCATGAGCTGGACACTGGCATGGATTTGGATAAAATCAGCAAATATTCTGCTTTCTGGGAACAGACCCGCACACTCTATGCACCATTTGAGTGTGCAGTGACTATGAAATCAGGCAATGCAGATGTTTATCAGAATGAAATCCCCGGTGGGCAGTATACCAATCTTCAGTTCCAGGCATTCTCCTTAGGGCTGGGAGATCAGTTTGAGGCAGTGAAGAAGGCATACAGAGAAGCAAATCTTCTCCTAGGTGATTTAATTAAGGTAACTCCATCATCAAAAGTGGTGGGCGATCTGGCTCAGTTCATGGTGCAGAACAAGCTCTCCGCTGCTGACGTTGAGAATGGAGCAGAGAATCTTAGCCTCCCAAAGTCTGTGATTGAGTTTATCCAAGGATACTTAGGTGAACCTTATGGGGGATTCCCAGAACCATTACGCACTAGGATGCTAAAGGGACTGCCAATTGTCAAGGGGCGCCCAGGAGCTACAATGACTCCCATGAACTTCGCTGACATCAAGTCTGATCTTGT 1 2 3' arm Homarus_americanus mirnest 100 100 -26.6 (((((((((((.((((((((((((((((.....)))...)))).))))))))))))))).)))))........ (-26.6)