mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACAGTACTTTGATCAATATT GAAAAATCAAATGTACTGTACA AATGTGTTCTTCAGTTTAGTATACAGTACTTTGATCAATATTTTAGAAAAGAATTGTATGAAAGAAAAATCAAATGTACTGTACAGTAAACTGTATTTTAATA ATGTTCTATGCATTCCAACTACTTGAAAACACTGGTATTTGTATTGTCCCAGGCAGTGGGTTTGGGCAGCGACCAGGGACTTACCACTTCAGGACCACTATCCTACCCCAGCCACAGTTGCTCAAGACCATGCTTGAAAAGTTCCGTGACTTCCATTCAAATTTCATTAAACTTTATGAATAAGCAGTTTCTTCATCAAACTTCTAATTACACATATCCGAACTCATCCTCCACACTCTTAACTGCAGCCACAAGACTGAGGTTTAAAAAGGGTAATATCTTTATCTGTCCATAGCAGTGCAATAAACACAAGTATCTCATACCTGTCTATCCATGGGTCTGTGTTAGATAAAGTGTTTTGTATTTTCAAGTTCAGGAGAAATGTGTTCTTCAGTTTAGTATACAGTACTTTGATCAATATTTTAGAAAAGAATTGTATGAAAGAAAAATCAAATGTACTGTACAGTAAACTGTATTTTAATATGATTTGTGATTAAAGGTTGTATATATTACTGTATTATTTTCAAAAAGACAAGTTCATAAGTTTATAGTAATTACAGTATATGTAGTCTTTTCAGTAAAATGTTCTTTTTTTTTCTCTNCTCTAAACAAAAATGAGATATGAATATTAATACTTTAGCATCTACATATAGTTAGTGAGCACTTG 5 1 5' arm Homarus_americanus mirnest 100 100 -18.6 ...........(((((((...((((((((((((((.....(((((.............))))).....)))))).))))))))...))))))).......... (-18.6)