mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGATGAGATGGTGATTGTGG ATGATAAATCGATTCGCTGTT TCTGTTATGTTCTCCGCTTCTCATGATAAATCGATTCGCTGTTGGGAAAAAACAGATGAGATGGTGATTGTGGAAGAGCGAGAAGAAATGGA GTACAAAAAAGTTGGATTCCATGCACACGACGATGCGGTTACATCATTTTTATTCTGTCCAGGAGAGGAACATCTTTTCTGGAGTGCCGGAAAAGATGGAAAGATTAAACGATGGGATGCAGTGAAATTCATTTTGGTTCAATCGCTCGATAGACACACCTCTGATATCAGATGCTTAGCTCAATTCAGCAATGGATCTGTTATGTTCTCCGCTTCTCATGATAAATCGATTCGCTGTTGGGAAAAAACAGATGAGATGGTGATTGTGGAAGAGCGAGAAGAAATGGAGAGAGAAGAAGAGTATGAGAAGAAACTCATTGATGAGGAAGATGCCGTTGC 2 2 3' arm Caenorhabditis_brenneri mirnest 100 100 -25 ((((((...(((((.((((.(((((((..((((.(((((((((.......))))).)))).)))).)))))))..)))))))))..)))))) (-25)