mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATATTTCCAGTACCAGAATG TTCTGGTACTGGCAGTAAAATG TTGCAGCGTCATATATTTCCAGTACCAGAATGCTTTGCCTACTTTCTTTTCTTAATTAGTGTCAATTGTTCTAGTATTCTCAAGAGGGAATACAAATCTGAAAATTCGCAAAGCATTCTGGTACTGGCAGTAAAATGACGTCATC AACACAGTCATTTAATTTATTGCACACAAATCACAAAAAACAATTGGAATACAAATACAGGTTTTGAGTAACGGTCTCTTGCACAATGAATTTACAGCGTCACAAAAACTTTTGGCCATTGCAGCGTCATATATTTCCAGTACCAGAATGCTTTGCCTACTTTCTTTTCTTAATTAGTGTCAATTGTTCTAGTATTCTCAAGAGGGAATACAAATCTGAAAATTCGCAAAGCATTCTGGTACTGGCAGTAAAATGACGTCATCGTGCTAGTAGCCTATTGCGAAGGTTTGAGTATCCCTTTTACGTTAAATTAAGAAATTCATGCGGATTTAGAGTCTAGATCTACAACGTAAACACATTGATTTTACGCAAAAGTTACAGGAATTAAAGCGGCAAAATAAAATGTCGTTGAATAAACGTTAGCGTTTAATCAAGATTGTACTTAAGCAATGGTTTTACGGAAGTGTAACGAGAACGCAAGGAAAGCTATACGTAAAATTATAGTAAGTGAAAATCTTTGCTAATTCAAAAAAACATTATTGCAACAAAACTTCCTAAAAACTGCGGAAAAATAATATTGAATTTATAATATCTTCCAGAAATAATTCATTAGGACAGCGAACATTTCTTTCATTGCCATGGCTTTTTTTCTAATTATCGAAGAATATTTTATTCGCTGGTTGAACCATCGACTGAGCCGGAATAGTGAGAAATGTTCTTGTAAATAAGCGAAAAGTTTAAC 2 1 5' arm Metridium_senile mirnest 100 100 -48.5 .....(((((((.((((.((((((((((((((((((((....((((.(((.......................((((((((....)))))))))))...))))....)))))))))))))))))))).))))..))))))).... (-48.5)