mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAGGGCATCAATTTTGTTTT AGCAAAAAAAATGTCATTTTA TTGTGGGAAAAAAAGGGCATCAATTTTGTTTTACAAGCAAAAAAAATGTCATTTTACATTTACA CGGATATGTATTATAGCAAAAAGTAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTCAAATTTGTCGCTCTTTGTTTGTTTATAGCGCAAAAAATAAAAACCGCAAAGGTGATCAAATACCACCAAAAGAAAGCTCTATTTGTGGGAAAAAAAGGGCATCAATTTTGTTTTACAAGCAAAAAAAATGTCATTTTACATTTACAGTGGAAATGCGGTTAACAAGCATTCCACAATACGCAATTATTTTTTTAAAAATTCTGACCTGGTTTGCGAGTGTTGTCTCGCGAAACGAACAGGATTAAAGTCTCTGCAGACATGGGTTTGGTCGGCTAATTATCTGCAAATTGTGCCACATCCTAAATTCAGGATTTAAACAGAGATAATTCCCCTAGTGGACTTTAAAGGCACATATGAAAGAATGTGTAGGAAAGTATGTTAAGTAAACAACAATTTATTAATTACAAAAAGCTCTCATAAGGACATCAAACAAATGACATAGATAAAAAAGGAATGCGATTACACATATTTATAGCTATTGATACCAATACGCTTGCACCCGACGCGTTTCGGAGTTGTTTTAGCCTCCTTCTTCAGGGGTGGGTGTGAGCTTTAACAAAGATTTATTGGTATATATAAATATTTTGCTGATGAGGTACACAGATGATCCGCCCCTTTCTGTGTGCCAAACACTGCGCTTATGGGATAAGCCCCTCACTCTAAGCAGCTGCTTAAAATTACAAACTCATGTGATATAAAATAAATGATACACTATACAACTGCCCTCACCAATAGCGTGATCAAACAGCAGCGCCCCCC 5 0 5' arm Rana_catesbeiana mirnest 100 100 -10.8 .((((((...((((.(((((...((((((((...))))))))...))))).))))...)))))) (-10.8)