mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACTGTGGGTGCATGCGCCAT GGCGATGATCCCGTGGTGTT TGGGAAGGGGAAGGCGATGATCCCGTGGTGTTCTTAAATTTGGGGTTCACTGTGGGTGCATGCGCCATCAGATATCT GGGGGTTTTAACCCAAGCAAGTTATATATCGATGTGCACAGATTTAAGTGCACATTAAAATGTGAGTGTTTATTGGTACTTTTAATACATTTTGAAGCTTTTCAGTATGGAGAAAACTCTATTATGGTCTATCTATTATTGTTTTTTGAGCAAACTTGTATGCTGAGACTGGTGATTTCATTAGAAGTACTGGTATCTGCGGAGGAGTGTTGAAGGATTTGGAGACTGTATAGCCATGGAATAAGACTTTGGGAAGGGGAAGGCGATGATCCCGTGGTGTTCTTAAATTTGGGGTTCACTGTGGGTGCATGCGCCATCAGATATCTATATCAGACTATTTATTTAATACAATACATCTTTGACTGTTAAATTACACAGAGAAGGACTTTTCGGTTTGAGGGGTTCCCACCACTATTGCACTATTATTGTATATTAACTATTGGTTAAAGCTTTCATGTTTAGAGGTTTTCATCACAGTTATACAGGATATGGTATATAGGGTATTCTGTTAAACAGAGAAAGACTCTGGTTTGAGCAGATTTCCACCATTATTGCACTTATATTGTGTACATTAACAATGTGAAATTAAATGCAAAATTAAAATGTAATGTTTATTAGTTTTCATCACTGTTATATTGTGAGTATTATATGGGTAGAATACTCATTGCAATGTGGGATTATCAATTACAATTATTCATGTTATATTGTGGCATTAAGGATGCATATTAGGTTCACTTTATAT 3 1 3' arm Rana_catesbeiana mirnest 100 100 -24.8 .....(((.((.(((((((..(((((((((.(((((....)))))..)))))))))..))).)))).)).....))) (-24.8)