mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTAGTTTGTGTTGTGTGTTTT AGCCAAGTACACAGTCTGTCC CCTATCTATGAAAGCCAAGTACACAGTCTGTCCAAATTGAAATCCACAATTGGTGGCTTGTTTGAAAAGTGAATTATTTTTTGCTATAAAACAATATCAAAGCGGTGTAACATTTAGCTTGATGTTGCCCATTTAAGTGAATTTACCAATGCACATGCAACAAATCTTTTTAATATGGGTAGTTTGTGTTGTGTGTTTTTTTTTTTAA AAAATAGCTCACAATATGTTTTATTACCTCTAAATGTATAAACTTTAAAATCCTCACATAAAAAAAAAAATAGATTGCCAATGTACAAAAAAAACTGATCATTTTTACTCCGCTATCAATGTACCACTGCAATATTAATGATAATGGGCACAGCCTACTAAATACACTGTGGTTACACCAATAACGTTGTCTCATAATAAAAAACCACAGGTCACAATATGTCACGTGGCACCACAAGGACTTTGATGTCTTCCTATCTATGAAAGCCAAGTACACAGTCTGTCCAAATTGAAATCCACAATTGGTGGCTTGTTTGAAAAGTGAATTATTTTTTGCTATAAAACAATATCAAAGCGGTGTAACATTTAGCTTGATGTTGCCCATTTAAGTGAATTTACCAATGCACATGCAACAAATCTTTTTAATATGGGTAGTTTGTGTTGTGTGTTTTTTTTTTTAAGGGTCCTCTTCTCCAGATGTGTATGTTAATACGTCGTGCCAGACCTCAGGATGTTCACAGATTCTTTGTGCTATAATACACAAATTATTTTTCCCC 3 2 3' arm Rana_catesbeiana mirnest 100 100 -39.2 .........((((((((...((((((.(((((((.(((((((......((((((((.((((((....((((((......))))))...))))))..((((((.((.((((((((......)))))))))).)))...)))..)))))))).................))))))).))))))).))))))..)).))))))........ (-39.2)