mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATGTTTTCAGCATAAATA TTTGTGACTGAAACACTTCTTCT CACAATTTCCTCTTTTGTGACTGAAACACTTCTTCTCACTTGTACATCTGTTGTAATTACGATTTTGAATGTTTACACTTTAAACTTTAATTTGTTTTCACAACAAACTAAAATGCAAATAGATGTTTTCAGCATAAATAAATCTCTTTT GGGGGGCCCTGTATACAGGATATATATTTATGCCTCAGCACATCCTTGCAATTTTGCACTACTTTGAGATTGTTCAATGACACAGAAGAGCCTTGCTTGGCAAGGGCTTTAAGGACAGAGCGATAACATTGTGGGATTTCAGGCATCAGACAAGGATCCAGAAGATGGCACGAGTGCTTCAGCCTGCCAAGATGACCTAGATGGAAGGTGCAGGATCTCCAGTGGAGCGGCCGTGTACTTGATCCAATCAATAAGGGCACTTAGAAGCTCCTTCTAAAAATTCTCAACCACCATTATTCCAGCTATTGTTAACTAAGGGTTCTGCAACTCATTGCCTTACTCGCAGGGTTTATGGCAGTATTTTTGTTGTGTATTTTGTAATAACAGTAGCTGTTTTAAATATTGCACTGCACTGTATATGTATTTTATTTAGTTGCTTATTTTTAAAGATGGCAGATCACAATTTTGTATATATCAGTGCTAGTTAGCTTTGTACACAATTTCCTCTTTTGTGACTGAAACACTTCTTCTCACTTGTACATCTGTTGTAATTACGATTTTGAATGTTTACACTTTAAACTTTAATTTGTTTTCACAACAAACTAAAATGCAAATAGATGTTTTCAGCATAAATAAATCTCTTTTGTGACCTCT 4 2 3' arm Rana_catesbeiana mirnest 100 100 -22.9 .............((((((.((((((.((.(((......(((((....((((((....((((..(((((.(((((.....)))))))))).))))....))))))........)))))..))).))))))))))))))............ (-22.9)