mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTTCCTAAATATAAGTT CTTATATTTAGAAACGGAGGG ACAAAGTTAATAATATACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTTTTTAAAAAGGTTTCATTAACGGACTACATACAGATGTATATAGACACACTTTAGAGTGTAGATTCATTCATTTTGCTTCATATGTAGACTTCTAATGAAATATCTTAAAAGACTTATATTTAGAAACGGAGGGAGTAGCATACTTAGGTAC GCATGATACCATTTTCCCTCTTCATTACATGAGAAGTAGGGCAAAAAAGCTGGCTATTACAAAACAAAGTTAATAATATACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTTTTTAAAAAGGTTTCATTAACGGACTACATACAGATGTATATAGACACACTTTAGAGTGTAGATTCATTCATTTTGCTTCATATGTAGACTTCTAATGAAATATCTTAAAAGACTTATATTTAGAAACGGAGGGAGTAGCATACTTAGGTACATACATACAGACATACATATATACACATAGATACATTCTTCTGATGGTACAACAAAGAAAGAAACAACTACAGTCTACGTATATCGATCATTATTGCTTTTTGAAATAAACTGGTCAAGATGTGACACCTTCTGCATAACCTTGGATTGCATGCCATCGACAGAGAAGAGATCAGCAGATCTCCACGTCTCAATCGAAAAGAGCAGCCCAAACCATAGCCAAAATCCAAAAACAACCCCAGCAGTCACACAGTAGTACAGACACTGGTCCTCCCCCTCACCG 1 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 1e-45 tae-MIR1122 2e-16 -56.8 ((.((((........(((((((((((((.((((((((((((((((.((...(((((((((..((.(((((((..((.(((...((..(((((....))))).((.....)).)).))).)).))))))).))..)))))))))...)).)))))))))))))))).)))))))))))))....))))..)).. (-56.8)