mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTTTAACAAGTGTATTTTT AAGTACATGTTGTTGAATTTAT TCATCTTGCAGCTGACATGAATGGTCCTGACGAGTGGAACAAGTACATGTTGTTGAATTTATATTCAGTAACTTGTTTAACAAGTGTATTTTTATCTAAGTTCAATTCAGATACAGCTGAAAGATGCATT GGAAGAACGGTTCACAATCTGATGGTACCAAACGCCGCCAAATTGTCGATCAACTATGTGAAGCTCGCAAGTCTTGTTTAGAATATTTGGTGGATTCAGATCATATAGTGTTTGAAAACGAGCAGACAGTCACCCAACCTTCAGGACTTTCTTCTTGGATCAATCCAGAACAGCCTTTGTCAACAACTGAAACTCAACGACTAATTGAACAAGAAACTCAAGATGAATGAGTTTTGGAGTCGTCGTACATGTGTCATTTTGACTGGCGCTAGCAAAGGAATAGGACAATGTTTAGCTGTAGAAATTGGTAAACTTTTGATTCCAGAGTCAACCATTGTTCTTATGGCTAGAGATACAAATGGTCTGGAAAAAACCAAAGAAATGGTGAACAAAGAAAACAATGATATTTTGGTAGAGTATTATAGCGTGGATTTATATAACTCCAACGCAACAATGTTTGAAAAAATTGTTGAACCTATCGATTCTACAAAGTACGAATTATTTTTATTAATTCATAATGCTGGGTCAGTTGGTAATCTAGATCATCTTGCAGCTGACATGAATGGTCCTGACGAGTGGAACAAGTACATGTTGTTGAATTTATATTCAGTAACTTGTTTAACAAGTGTATTTTTATCTAAGTTCAATTCAGATACAGCTGAAAGATGCATTGT 4 1 3' arm Myzus_persicae mirnest 100 100 -31.9 .((((((.((((((...(((((......(((...((((..((((((((.(((((((((((((.....))))...)))))))))))))))))...)))).)))..)))))....)))))).)))))).... (-31.9)