mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCCCAAAGGTTTTTTCGGG AAAGAAAACCTTCCTGGGTTAAA AATTTTGGCCCAAAGGTTTTTTCGGGGGCATTAACAAAGAAAACCTTCCTGGGTTAAATT AATTTTGGCCCAAAGGTTTTTTCGGGGGCATTAACAAAGAAAACCTTCCTGGGTTAAATTCCTTTGGGAAAACCCCCCCCTTCAAGGGATTAAAAATAATTCCCCCCAATTTTTCCCCCCAAAGGGATTTTAATTTGGGGAAAAGGGGATCTGGGGGTTCCAAGGGAACCCCCTCCTTGGGGGGAAAAAAACTTTTCCCCGAAATGGGGTCATAGGAAACTTTCAAAAAACCCCCGGGTCTTTTTAATTCCCCACCAAAAATTTTTTGGTCAACTTTTCTTCCCCTTTTGGGGTGGGGTAATTTTGGAACCGGTAAAGGCCTTTTGGGAATTTCAAAACCTATGGGGACGGGCCCTCCCAAAATGGGAAAATTAAGGAAAACCTTTTTGGGATTTTTCCCGGCCCCCCCCCCGGAATGAATTGGTTGGGGGACCAATTCCAAACCATTTTCCTTATTCCTTTCGGGTCCGGGGGGGGGGGGAAAACCCTTTTTG 4 2 5' arm Strongyloides_ratti mirnest 100 100 -17.2 ...(((((((((((((((((((...............))))))))))..))))))))).. (-17.2)