mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTTCCTAAATATAAGTC AGTATTTAGGAACGGAGGG TATCCCCTGTTTACCTGCTGGCTTCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTTAGAGATTTCACTAGGAGACTACATACGGAGCAAAATGAATGAATCTACACTCTAAAATATGTTTATATACATTCGTATGTAGTCTTTTAATGAAACATCTAAAAAAAATTATGAAGTATTTAGGAACGGAGGGAGTAGTTTGGTGGCATGGATGACCTGCA GGGGGACCCAATCTACTGTCGGGAACGATGAAAAGTGCCCGAGAATCCATCATTTTTCATTTCAGCACCGCGTAGATGCCTAGCTGGGGCCGTAAACTATTAAGCTATTAAGCTATGTATCCCCTGTTTACCTGCTGGCTTCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTTAGAGATTTCACTAGGAGACTACATACGGAGCAAAATGAATGAATCTACACTCTAAAATATGTTTATATACATTCGTATGTAGTCTTTTAATGAAACATCTAAAAAAAATTATGAAGTATTTAGGAACGGAGGGAGTAGTTTGGTGGCATGGATGACCTGCATGGTTTTTACTGTGGTGGCGTGTCAACATTTTCACGTCTCCTGGCCGGAGGACCCCAACAGCGAGGAGGCAAAATAGTCACGATTTCTGACGAATCATCAATCTACAATGTCTCCTAAGTCTCAAACTGGAATGTTTCTTCAATGGGCAGCAGCATGTTT 1 2 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 3e-40 tae-MIR1126 9e-28 -77.6 ........(((..(((((((.((.(((((((((((((((((((((((...((((((((((..(((((.((((((((((((((((((.....(((((((.((............)).))))))).....)))))))))))))))))).)))))..)))))))).......)).)))))))))))))))))))))))...))))))).))..)))..... (-77.6)