mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGATTGATGTGTGTGTGTG TATATATATATCGACCCATATA TATCTGTATATATATATATATATCGACCCATATATATATATATATCAATTATGTATTTCCAATGAACTAAACAAATTACTCACAAATTTCATCTTCTTGTTGGGCTTAATTATTTGTAAACTCGTTAATAAATTCATTGTGTTTCACATTCCTACAAAAATGGATGTATATGTATGTATGATTGATGTGTGTGTGTGTGTGTGATT AATAATAATGCTTAGTGGACTATAAGGCAACCCGATTTGTGTGTAACAATGATATATGTATGTATGTATATAATATGTATAAAAATATGTTAAATATAGTTATAAAAAATAATTTTTTTACAATGCACTTGGCCCCTACTTAAAATTTATCTGTATATATATATATATATCGACCCATATATATATATATATCAATTATGTATTTCCAATGAACTAAACAAATTACTCACAAATTTCATCTTCTTGTTGGGCTTAATTATTTGTAAACTCGTTAATAAATTCATTGTGTTTCACATTCCTACAAAAATGGATGTATATGTATGTATGATTGATGTGTGTGTGTGTGTGTGATTTTGCTTAAACATTATGATTTTTGAGGGCCTGGGGCCAATGGAAACTTTTCCTTTCAAGCTGCTGACTGTTGCTTTGGCGTACATATGGCGCACAATT 1 1 3' arm Drosophila_willistoni mirnest 100 100 -39.4 .(((..((((((((((((((((((((..((((((((((((((((((.(((.((.((((..(((((.....((((((..((.((((...........)))).))........))))))....)))))...)))).))(((((...........))))).))).)))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).))). (-39.4)